本来、花粉は、細菌やウイルスのように人体に病気を起こす外敵ではありませんから、免疫反応によって人体が花粉と争う必要はありません。しかしながら、人によっては、花粉を外敵であると誤って認識して免疫（ウイルスや細菌などが体内に侵入した際に、排除して自分の身体を守ろうとする働き）の反応を引き起こしてしまい、その結果として、病気を引き起こしてしまいます。認識を誤って病気を起こし免疫反応が「アレルギー」です。
はじめに、通常の免疫反応の仕組みについて説明しましょう。われわれ人間の体内に病気の原因になる細菌やウイルスなどが侵入すると、白血球の仲間である数種類の細胞が、細菌やウイルスを有害な異物として認識します。そして、リンパ球の仲間である「Th細胞（ヘルパーT細胞）」に侵入してきた異物についての情報を伝えます。そうすると、次にTh細胞は、受け取った情報をもとにB細胞に対して抗体を作るように命令を出します。B細胞は、Th細胞の命令に従って、細菌やウイルスといった異物を攻撃するためのミサイルとして働く抗体を作ります。抗体が異物に結合すると、白血球の仲間の細胞たちが異物を捕まえて破壊したり、体内から除去したりして、われわれ人間の身体を守ってくれています。
このように、異物が細菌やウイルスの場合に働くのが「Th1細胞」です。しかしながら、その一方で、細菌やウイルス以外の異物の場合に働くのがTh2細胞で、花粉やハウスダストが体内に入ってきた場合に働くのもTh2細胞であることが確認されています。
多少の個人差はありますが、正常ではTh1細胞とTh2細胞はある一定範囲内のバランスを保って存在しています。しかしながら、何らかの原因でTh1細胞の数が減少したり、活動性が低下するとTh2細胞の数が増え、その活動性が活発になってきます。Th2細胞の活動性が極端に活発になった状況で、細菌でもウイルスでもない花粉のような異物が体内に侵入すると、Th2細胞は積極的にB細胞に花粉などの異物に対する抗体を作るように命令をします。Th2細胞の命令に従って、B細胞が作る抗体が、「IgE抗体（アイジーイーコウタイ）」です。このIgE抗体が、人体のさまざまな組織に分布しているマスト細胞の表面にあるIgE抗体受容体に結合すると、マスト細胞はアレルギー反応を引き起こすヒスタミン、ロイコトリエンなどの化学伝達物質を放出します。
化学伝達物質が作用すると、毛細血管の拡張、血管透過性亢進（血液成分が血管から出やすくなる）、平滑筋収縮、粘液分泌亢進、自律神経刺激、白血球走化反応など多彩な反応が数分から数十分の間に起こります。このような一連の反応が「アレルギー」と呼ばれているものです。
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