花粉症（花粉アレルギー）は、当然のことながら、原因となる花粉が飛散していない地域では起こりません。スギは北海道や沖縄では飛散しないとされており、スギ花粉症はほかの地域ほどありません。それに対し、関東地方や近畿地方、東海地方はスギ花粉の飛散量が多く、スギ花粉症の患者数も多いことが知られています。気候の違いからくる植物の分布差が、このような地域差が生じる原因です。
スギ花粉症は、後述のとおり、北海道ではほとんど見られません。しかしながら、関東・近畿あるいは東海地方では多く、九州では少ない傾向があります。しかしながら、同じ地域でも医療機関によって差が大きいと言われています。
イネ科の植物（オオアワガエリ、カモガヤ、ナガハグサなど）による花粉症（花粉アレルギー）の発症頻度は、人口の７～８％と推定されています。しかしながら、東海地方や北海道に多く、九州地方では少ない傾向にあるといえるでしょう。
そのほかには、ヨモギ花粉症は、北海道や東北、中部地方では多く、九州地方では少ない傾向にあります。ブタクサ花粉症は、中国、四国、九州、関東地方で多く、東北、中部地方では少ない傾向にあります。
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